郑州祠堂古建筑保护利用仍存在以下的问题：

1、大多数古祠堂保存现状较差。郑州各祠堂建筑一般位于乡村，多因年久失修而破败不堪。由于受风雨侵蚀、植被生长等自然环境以及人为破坏、管理不善等因素的影响，导致郑州不少古祠堂的建筑结构、装饰艺术和历史文化价值受到破坏，亟需采取措施加以保护。

2、郑州古祠堂建筑利用率低。城镇化给村内的祠堂带来了前所未有的挑战。在新的社会环境中，由于缺乏合理的建筑功能，祠堂失去了持续运转的机制，导致建筑的使用效率不高，最后变得无人问津，祠堂陷入荒废闲置的窘境。郑州不少祠堂建筑在村中作为某姓氏家族的资产而搁置或弃用，甚至因为乡村的发展建设而被拆除、移建、复建，难以发挥更多更大的资源优势。

3、郑州古祠堂的文化元素未被发掘出来。郑州是姓氏文化起源地，对姓氏家族有着重要承载意义的古祠堂却没有被赋予应有的地位意义。郑州祠堂姓氏文化没有纳入中华姓氏文化研究，更没有与级别高、规模大、影响范围广的黄帝故里拜祖祭典深度融合，难以形成正能量循环。

加强郑州古祠堂文化基础研究工作。建议整理出版《郑州古祠堂调查资料汇编》及相关衍生书籍，探索郑州古祠堂的建筑、饰物、历史文化、姓氏文化等方面的价值，为古祠堂保护和活化利用提供科学依据。

加强祠堂文化文创产品研发。深入挖掘古祠堂文化、各祠堂姓氏文化、家族故事、名人事件、村史文化、乡村风貌等祠堂相关文化元素，出版相关祠堂文化著作，并将各祠堂建筑内的相关碑刻、建筑构建、雕梁画柱、柱础基石等具有典型文化底蕴的实物进行拓片、扫描、绘画等，原貌制作或加工打造成文化产品，设置祠堂姓氏文化文创销售平台，供省亲游客观赏、阅读、购买等。

依托黄帝故里拜祖大典活动，将郑州打造成一座姓氏文化溯源城。将郑州九区六县市的各姓氏祠堂联结起来，承托新郑黄帝故里拜祖活动持续发力发热，增强郑州作为黄帝故里、中华姓氏文化的影响力、传播力，使得郑州高竖黄帝姓氏文化大旗，打通姓氏文化旅游的宣传推广路径，营造中华民族一家亲、血脉相连的文化氛围，为郑州打造成为全国顶流文化城市奠定基础。

以祠堂文化带动乡村发展振兴。深入挖掘祠堂村落的村史文化、乡村风景、文化景点、特色饮食、民宿民居等文化元素，将古祠堂改造与乡村振兴结合起来，以文化带动郑州九区六县市的乡村文化建设，形成一条带动乡村振兴的建设发展路线，开发乡村旅游文化景点，振兴乡村经济。